糸魚川ジオパークの特徴として次のようなものがあります。

1. 大地の境目にある：糸魚川市は糸魚川—静岡構造線の北端にあり、市内の中央を南北に大断層が通ります。糸魚川—静岡構造線を境に日本列島は地質学的に東北日本と西南日本に分けられており、糸魚川ジオパークは東北日本と西南日本の両方にまたがっていることになります（地質の多様性）。
   

2. 大きな標高差を持つ：糸魚川ジオパークは日本海から海抜2,769mの新潟県最高峰の小蓮華山まで、約2,800mの標高差があります。このことが生物の多様性を生む原因になっています。
   

3. 大きな時代の差を持つ：糸魚川ジオパークには、先カンブリア紀に生成した岩石から、古生代、中生代、新生代の各時代の岩石が分布しています（地質の多様性）。
   

4. さまざまなでき方の岩石がある：岩石はそのでき方によって火成岩・堆積岩・変成岩に大きく分けることができます。糸魚川ジオパークにはさまざまなでき方の岩石があります（地質の多様性）。
   

5. 人間と大地の歴史がある：糸魚川ジオパークには人間と大地の関わりの歴史が多くあります。例えば縄文時代に始まった世界最古のヒスイ文化では、糸魚川産のヒスイを使われました。糸魚川産ヒスイは日本全域に伝播し、さらに朝鮮半島にも運ばれています。